A pintura retrata o momento da história bíblica, onde São João é decapitado pelo Rei Herodes para satisfazer a sede de sangue a dançarina sedutora, Salomé. O cenário é o pátio de uma prisão eo assassinato horrível é observado por dois outros presos olhando através de uma grade, enquanto um jovem e uma velha senhora estar pronto para assumir a cabeça decepada e colocá-lo no prato à espera. O sangue que flui do pescoço de S. João pinga para o fundo do quadro e, em seu fluxo de vermelho, Caravaggio assinou seu nome.

Na parede da direita do oratório trava uma pequena pintura de Caravaggio, São Jerônimo, que foi roubado em 1984 e resgatada em uma operação dramática, alguns meses depois. Nele, um homem idoso que se senta com uma caneta na mão.

Caravaggio foi para Malta, para evitar a pena de morte que havia sido infligido nele após cometer um assassinato em Roma e, com o corpo exangue de São João, ele parece estar retratando sua vítima e, ao mesmo tempo, seu próprio fim. Muitos descrevem o quadro como sua obra-prima.